Hiện tại một số doanh nghiệp đã sửa mẫu và thiết lập công thức hạch toán chi phí lương trên phần mềm MISA SME.NET 2012 nhưng khi chuyển đổi lên MISA SME.NET 2012 thì không lấy lên được, NSD phải tự sửa lại mẫu.
Kể từ phiên bản R10, MISA SME.NET 2015 sẽ cho phép tự động lấy theo đúng mẫu và thiết lập hạch toán chi phí lương tương ứng từng cột trên MISA SME.NET 2012 khi chuyển đổi dữ liệu lên MISA SME.NET 2015