Đối với tiền mặt: NSD vào phân hệ Quỹ, xem báo cáo Sổ chi tiết Quỹ tiền mặt của từng tài khoản, loại tiền để kiểm ra xem tiền bắt đầu bị âm từ thời gian nào, xác định nguyên nhân và cách xử lý.
Đối với tiền gửi: NSD vào phân hệ Ngân hàng, xem báo cáo Bảng kê số dư ngân hàng để kiểm tra xem tiền bị âm ở tài khoản nào, vào thời gian nào, sau đó đối chiếu với sổ phụ ngân hàng để xử lý sai sót.
Trường hợp thủ quỹ không tham gia hệ thống (Menu Hệ thống\Tùy chọn\Tùy chọn chung, không tích chọn Thủ quỹ có tham gia hệ thống): Trường hợp này mặc định số dư trên sổ kế toán luôn bằng số dư trên sổ quỹ, phần mềm sẽ không kiểm tra chênh lệch.
Trường hợp thủ quỹ tham gia hệ thống: Cần kiểm tra trên phân hệ Quỹ và phân hệ Thủ Quỹ xem có những chứng từ nào đã ghi sổ trên phân hệ này nhưng chưa ghi sổ trên phân hệ kia để xử lý chênh lệch hoặc có thể vào Kiểm kê quỹ, thêm mới bảng kiểm kê quỹ và nhấn vào Đối chiếu để kiểm tra đối chiếu chênh lệch.