Khi Lập chứng từ bán hàng hoặc Lập hóa đơn cho hóa đơn thay thế lấy từ meInvoice.vn, nếu trước đó hóa đơn gốc (của hóa đơn thay thế đó) đã có ở trên MISA SME.NET (bằng cách tự lập trên MISA SME.NET hoặc lấy từ trên meInvoice.vn về để Lập chứng từ bán hàng hoặc Lập hóa đơn), thì chương trình sẽ xuất hiện cảnh báo do Hóa đơn lập cho hóa đơn thay thế đang bị trùng với hóa đơn gốc (lập trên MISA SME.NET hoặc lập cho hóa đơn thay thế lấy từ meInvoice.vn).

Nếu thực hiện Lập chứng từ bán hàng hoặc Lập hóa đơn trong trường hợp mô tả ở trên. Chương trình sẽ thực hiện thêm các bước sau:

1. Lập chứng từ xóa hóa đơn trên MISA SME.NET (để xóa hóa đơn gốc tránh bị trùng với hóa đơn lập cho hóa đơn thay thế)

2. Hóa đơn gốc sẽ cập nhật trạng thái thành HĐ xóa bỏ (để kê lên tờ khai thuế)

3. Nếu hóa đơn gốc được lập kèm chứng từ bán hàng thì sẽ được tách riêng ra.