Cách xử lý khi lập tờ khai thuế GTGT tồn tại hóa đơn thay thế/điều chỉnh có hóa đơn bị thay thế/điều chỉnh đã kê khai kỳ trước đó

Mục đích: Bài viết giúp Quý khách hiểu tổng quan về cách xử lý khi lập tờ khai thuế GTGT có phát sinh hóa đơn thay thế/điều chỉnh cho hóa đơn đã kê khai ở kỳ trước, đảm bảo tuân thủ đúng quy định pháp luật và thao tác chính xác trên phần mềm.
Nội dung bài viết gồm:

• Quy định pháp lý về kê khai hóa đơn thay thế/điều chỉnh
• Nguyên tắc xác định kỳ kê khai bổ sung
• Hướng dẫn xử lý trên phần mềm theo từng lựa chọn

Phạm vi áp dụng: Kế toán, quản trị viên, người lập tờ khai thuế GTGT.

Căn cứ theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP về hóa đơn điện tử, khi hóa đơn điện tử có sai sót thì người nộp thuế được lựa chọn 1 trong 2 hình thức xử lý là Lập HĐ điều chỉnh hoặc Lập hóa đơn thay thế cho hóa đơn sai sót.

Căn cứ Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành luật thuế GTGT, thời điểm phát sinh thuế GTGT là thời điểm lập hóa đơn, cụ thể:

• Thời điểm xác định thuế GTGT đối với hàng hóa là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.
• Thời điểm xác định thuế GTGT đối với dịch vụ là thời điểm hoàn thành việc cung ứng dịch vụ hoặc thời điểm lập hóa đơn cung ứng dịch vụ, không phân biệt đã thu được tiền hay chưa thu được tiền.

Căn cứ vào Khoản 1, Điều 47 Luật quản lý thuế 38/2019/QH14 và Khoản 4 điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP:

• Quy định người nộp thuế được nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế nếu phát hiện hồ sơ khai thuế lần đầu đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót nhưng chưa hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót.
• Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót; nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra

Như vậy:

Khi đơn vị cung cấp hàng hóa dịch vụ, thời điểm xuất hóa đơn đơn vị đồng thời phát sinh nghĩa vụ thuế GTGT và phải lập tờ khai thuế GTGT

Khi đơn vị đã lập hóa đơn điều chỉnh/thay thế cho hóa đơn phát hiện có sai sót, việc này làm thay đổi nghĩa vụ thuế GTGT đã kê khai trước đó. Vì vậy, đơn vị phải lập tờ khai thuế GTGT bổ sung cho tháng/quý có hóa đơn bị sai sót (Không phải là lập tờ khai vào tháng phát sinh hóa đơn thay thế/điều chỉnh).

Nếu hóa đơn điều chỉnh/thay thế và hóa đơn bị điều chỉnh/bị thay thế (HĐ gốc) phát sinh tại 2 kỳ khác nhau (khác tháng/quý kê khai) thì NNT cần kê hóa đơn thay thế/điều chỉnh trên tờ khai bổ sung của kỳ phát sinh hóa đơn bị điều chỉnh/bị thay thế.

=> Trên phần mềm, khi người dùng Cất tờ khai thuế GTGT lần đầu tại tháng/quý có tồn tại hóa đơn điều chỉnh/thay thế cho hóa đơn sai sót đã kê khai kỳ trước đó, chương trình tự động lấy lên tờ khai các hóa đơn điều chỉnh/thay thế này và đưa ra thông báo cho phép người dùng lựa chọn cách xử lý.

Lưu ý: MISA khuyến nghị khách hàng trước khi lập tờ khai thuế GTGT và gửi tới CQT cần xác nhận lại và thống nhất cách xử lý số liệu với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Trường hợp  1:  Nếu người dùng chọn Xóa hóa đơn thay thế/điều chỉnh để lập tờ khai bổ sung, đồng thời Cất tờ khai.

• Chương trình tự động loại bỏ toàn bộ các hóa đơn thay thế/điều chỉnh kê khai khác kỳ với hóa đơn bị điều chỉnh/bị thay thế ra khỏi tờ khai thuế GTGT.
• Nếu có phát sinh thay đổi trên bảng kê hóa đơn bán ra, người dùng cần nhấn Lấy dữ liệu tại phụ lục PL43/2022/QH15 để cập nhật số liệu mới nhất cho phụ lục, tránh chênh lệch số liệu giữa phụ lục 43 và bảng kê bán ra. (Đáp ứng từ MISA SME 2022 – R26). 

• Nhấn Cất để hoàn tất tờ khai thuế.
• Sau đó, người dùng cần lập tờ khai thuế GTGT bổ sung của kỳ phát sinh hóa đơn bị điều chỉnh/bị thay thế.

Trường hợp 2: Nếu vẫn muốn tiếp tục kê hóa đơn thay thế/điều chỉnh của hóa đơn bị thay thế/bị điều chỉnh đã kê khai kỳ trước đó lên tờ khai lần đầu của kỳ kê khai sau, người dùng chọn Vẫn giữ hóa đơn thay thế/điều chỉnh này và Cất tờ khai.